Depuis le 1er mars 2025, l’indemnisation du congé de maladie ordinaire a changé pour l’ensemble des agents publics. La nouvelle loi arrêt maladie fonctionnaire 2025 met fin au plein traitement intégral pendant les trois premiers mois d’arrêt, une mesure inscrite dans le budget de la Sécurité sociale et présentée comme un outil d’économies budgétaires pour l’État. Voici précisément ce que cette réforme modifie dans le quotidien des agents publics.
Ce qui change concrètement pour les fonctionnaires en arrêt maladie dès le 1er mars 2025
La réponse tient en une phrase : pendant les trois premiers mois d’un congé de maladie ordinaire, un agent public n’est plus rémunéré à 100 % de son traitement indiciaire brut, mais à 90 %. C’est le changement central de cette réforme, applicable à tous les fonctionnaires titulaires et stagiaires, quel que soit leur versant : fonction publique territoriale (FPT), fonction publique d’État (FPE) ou fonction publique hospitalière (FPH).
Fin du plein traitement dès le 1er jour d’arrêt
Jusqu’à présent, un agent en congé de maladie ordinaire conservait l’intégralité de son traitement pendant les 90 premiers jours d’arrêt. Ce principe disparaît avec la nouvelle grille d’indemnisation. Le jour de carence, lui, reste en vigueur : le premier jour d’arrêt continue de ne donner droit à aucune rémunération, sauf exceptions prévues par certains employeurs publics ou conventions locales.
Nouvelle grille d’indemnisation : 90 % puis demi-traitement
Concrètement, la rémunération se découpe désormais en deux paliers. Durant les trois premiers mois, l’agent touche 90 % de son traitement indiciaire brut. Passé ce délai, la règle du demi-traitement s’applique comme auparavant, à hauteur de 50 % de la rémunération, et ce jusqu’à la fin de la période de douze mois de congé de maladie ordinaire.
Les nouvelles règles d’indemnisation en détail
| Période d’arrêt | Avant le 1er mars 2025 | Depuis le 1er mars 2025 |
|---|---|---|
| Jour de carence | Non rémunéré | Non rémunéré (inchangé) |
| Du 2e jour au 3e mois | Plein traitement (100 %) | 90 % du traitement indiciaire brut |
| Du 4e au 12e mois | Demi-traitement (50 %) | Demi-traitement (50 %), inchangé |
Calcul de la rémunération selon la durée d’arrêt
Pour un agent dont le traitement brut mensuel s’élève à 2 000 euros, la différence se chiffre concrètement. Avant la réforme, il percevait l’intégralité de cette somme pendant trois mois. Depuis mars 2025, il touche 1 800 euros mensuels sur cette même période, soit 200 euros de moins chaque mois, avant de basculer au demi-traitement si l’arrêt se prolonge au-delà du troisième mois.
Quelle différence avec le secteur privé ?
Dans le secteur privé, les salariés subissent un délai de carence de trois jours avant toute indemnisation par la Sécurité sociale, complétée ensuite par l’employeur selon les conventions collectives. Les agents publics conservent un seul jour de carence, mais perdent une partie de leur plein traitement. Le gouvernement justifie ce rapprochement par un objectif d’équité entre secteur public et secteur privé, bien que les mécanismes restent différents dans leur construction.
Les agents contractuels de la fonction publique relèvent du régime général de la Sécurité sociale et non du statut de la fonction publique. Leur indemnisation dépend des indemnités journalières versées par l’Assurance maladie, complétées le cas échéant par leur employeur public selon les règles applicables aux contractuels, distinctes de celles des titulaires.
Qui est concerné par cette réforme ?
Tous les agents publics titulaires sont directement touchés par cette baisse d’indemnisation, sans distinction de grade ni d’ancienneté. Les fonctionnaires territoriaux, ceux de l’État et les agents hospitaliers appliquent tous la même règle des 90 % puisque le texte de loi modifie le Code général de la fonction publique dans son ensemble. Les agents en congé de longue maladie ou de longue durée conservent en revanche des règles spécifiques, non modifiées par cette réforme qui vise exclusivement le congé de maladie ordinaire.
Les stagiaires en cours de formation sont également concernés, tout comme les agents à temps partiel dont l’indemnisation est calculée au prorata de leur quotité de travail. Seuls certains régimes dérogatoires, propres à des corps particuliers de la fonction publique, peuvent échapper temporairement à cette nouvelle grille.
Contexte et enjeux de la réforme
Cette évolution s’inscrit dans le cadre du budget de la Sécurité sociale 2025, dans un contexte de recherche d’économies budgétaires pour les finances publiques. Le gouvernement estime que l’alignement partiel sur les règles du secteur privé permettra de réduire le coût des arrêts maladie dans la fonction publique, dont le volume a fortement augmenté ces dernières années. Les organisations syndicales dénoncent de leur côté une mesure jugée punitive envers les agents publics, sans lien direct avec les causes réelles de l’absentéisme.
Le débat porte aussi sur l’articulation entre cette réforme et les contrats de mutuelle santé ou de complémentaire santé souscrits par les employeurs publics. Certaines collectivités et administrations envisagent d’ajuster leurs contrats collectifs pour compenser partiellement la perte de rémunération, mais rien n’est obligatoire à ce stade et les pratiques varient fortement d’un employeur à l’autre.
Impact sur les agents et recours possibles
Pour les agents concernés, l’impact financier dépend directement de la durée de leur arrêt et de leur traitement indiciaire, comme dans le cas d’un mal de dos dont la durée d’arrêt de travail varie selon les cas. Plus le salaire est élevé, plus la perte en valeur absolue est importante sur les trois premiers mois. Les agents en arrêt fréquent ou de longue durée ressentent davantage cette baisse, ce qui alimente les inquiétudes sur l’équité entre agents en bonne santé et agents confrontés à une pathologie chronique ou récurrente.
Sur le plan des recours, aucun mécanisme de contestation individuelle n’existe puisqu’il s’agit d’une modification législative applicable de plein droit. Les représentants du personnel et les syndicats restent les interlocuteurs privilégiés pour porter d’éventuelles négociations locales, notamment sur la mise en place de dispositifs de prévoyance complémentaire au sein des collectivités et administrations. Les droits des agents en matière de congé de maladie ordinaire restent par ailleurs identiques sur la durée totale de douze mois, seule la répartition de l’indemnisation ayant été revue à la baisse.